1980'li yılların başında İstanbul'un Zeytinburnu sahiline yerleştirilmiş olan S.S. İstanbul Batı Yakası Kumcuları Üretim ve Pazarlama Kooperatifi (günümüz unvanı ile Kumport Liman Hizmetleri ve Lojistik San. ve Tic. A.Ş.) dönemin Büyükşehir Belediyesi'nin "hızlı kentleşme ve kent içinde görüntü bozukluğu" yaklaşımı içinde bu ve benzeri tesisleri şehir dışında konuşlandırılması kararı ile Kumcular Kooperatif 1989 yılında Ambarlı - Yakuplu bölgesine taşınmıştır. Bölgede ilk olarak Kumcular Barınağı olarak 1989 yılında onaylanan İmar Planı ile Ambarlı Limanı'nın ilk adımları atılmıştır.

Ambarlı Limanının ilk kuruluş aşamasında, limanda faaliyet yapmayı talep eden girişimcilerin artması ile Ulaştırma Bakanlığı ile diğer kamu kurum ve kuruluşlarının tek muhatap arayışları, Ambarlı Limanında mevcut firmaların ortak olacağı bir kuruluş oluşturulması gereksinimini arttırmış, sonuç olarak Ulaştırma Bakanlığı'nın talebi ile 9 Eylül 1992 tarihinde ALTAŞ Ambarlı Liman Tesisleri Tic. A.Ş. kurulmuştur. Ulaştırma Bakanlığı ve Denizcilik Müsteşarlığı kurulmuş bu örnek ve efektif yapıyı muhafaza etmek amacı ile Ambarlı Limanında verilen ve verilecek tüm izinlerde ortak temsili sağlayan bu firmaya üye olmayı ön şart olarak koymuştur. ALTAŞ, bu tarihten itibaren, kuruluş amacına uygun olan ortaklık yapısı içinde kendisine ortak olan terminallerin ve kurumların hedeflerine ulaşması için Ambarlı Limanında kendinden beklenen tüm görev ve sorumlulukları, koordinasyon içinde yerine getirmiş ve getirecektir.

Kuruluşunun akabinde süratle çalışmalara başlayan ALTAŞ, Ambarlı Limanında mevcut terminallerin münferit taleplerini tek bir plan altında toplayan İstanbul'un ihtiyaç duyduğu koltuk limanı olarak hizmet verecek bir planlama ile 1993 yılında Ambarlı Limanı İmar Planı Bayındırlık ve İskan Bakanlığınca onaylanmıştır.

ALTAŞ Ambarlı Liman Tesisleri Tic. A.Ş.'nin kuruluş yıllarında limanın bağlı olduğu bölge İstanbul Büyükşehir sınırları dışında iken 2004 yılında Büyükşehir Belediyesi sınırları içine alınmıştır. Ambarlı Limanı, 1993 yılında önce Gürpınar Belediyesi sınırları içinde iken daha sonra 1994 yılında kurulan Yakuplu İlk Kademe Belediyesi sınırları içinde bulunması nedeni ile günümüzde Ambarlı Limanı Yakuplu İlk Kademe Belediyesi ile yoluna devam etmektedir.

Diğer taraftan Ülkemiz ekonomisinin liberalleşmesi ile artan ticaret hacmi dolayısı ile artan talep Ambarlı Limanının büyümesini gerektirmiş ve 2 Eylül 1998 tarihinde yapılan planlama ile daha büyük gemilere hizmet vermek üzere ALTAŞ Ambarlı Limanı İmar Planı revize edilmiştir.

Günümüze yani 2000'li yıllara girildiğinde Dünya konteyner taşımacılık hareketinin tahminlerin üstündeki yükselişi ve buna bağlı olarak Ambarlı Limanına olan gemi hatlarının ve bu hatlarda çalışan konteyner gemilerinin büyümesi Ambarlı Liman planının gemi manevraları ve konteyner istif alanlarının kullanımı açısından ihtiyaçları tespit edilmiş ve 2003 yılında ALTAŞ tarafından hazırlanarak teklif edilen büyüme planı bazı kısıtlamalar ile 15 Eylül 2006 tarihinde Bayındırlık ve İskan Bakanlığınca tasdik edilmiştir.